Mesmo tendo partido para Portugal, D. João VI se auto proclamou "Imperador do Brasil e Rei de Portugal e Algarves", embora tenha delegado a seu filho Pedro I o pleno exercício do governo brasileiro.

Por outro lado, D. Pedro firmou um acordo com o governo português, pelo qual o Brasil se responsabilizaria pela quitação de uma dívida de Portugal com a Inglaterra e pagaria uma "compensação" ao antigo Reino, pela perda de suas propriedades no nosso país. No total, o Brasil dispendeu dois milhões de libras esterlinas para que Portugal reconhecesse a nossa independência.

José Bonifácio de Andrade e Silva, quando soube do chamado "Tratado de Aliança e Paz" declarou que o país havia recebido "um coice na boca do estômago".

Os estudantes não assistiam passivos aos apelos em prol da restauração do domínio português, da volta de D. Pedro ao trono brasileiro e, embora incipientes, da proclamação da República. Reagiam contra os dois primeiros movimentos, e começavam a se engajar nas correntes republicanas.

A insatisfação política e a instabilidade institucional se manifestaram no país na forma de inúmeras revoltas ocorridas especialmente nos Estados do nordeste, que almejavam sua própria independência e não queriam se vincular a um governo central.

Por outro lado, partiam da Capital do País e de São Paulo, especificamente do Largo de São Francisco, manifestações coletivas ou individuais, por meio de escritos e discursos, que clamavam pela união dos brasileiros em torno da consolidação da independência.

Quando D. Pedro I voltou a Portugal, em 1831, várias rebeliões ocorrem na Corte e em outros Estados, apresentando natureza e objetivos diversos, mas todas demonstrando a falta de solidez da independência e a intranquilidade com o fim do primeiro reinado e insegurança com o futuro das ainda insipientes instituições.

O discurso republicano, por tais razões, estava encontrando eco junto a parcelas da sociedade, especialmente na Academia de São Francisco. Seus estudantes eram os principais arautos das novas ideias, que tomavam corpo à medida que a transição para um novo governo imperial era insegura e incerta.

Os jovens estudantes entusiasmados com os ideais iluministas consubstanciados nas Revoluções Americana e Francesa, em São Paulo passaram a conviver e a assimilar os ensinamentos liberais de Líbero Badaró, por eles chamado de "Botas", por usar esse calçado. Professor do Curso Anexo e fundador do jornal "O Observador Constitucional". Badaró não só divulgava os pensamentos contrários ao absolutismo monárquico como era um ferrenho adversário do governo imperial e não lhe poupava críticas, por vezes ofensivas e agressivas.

Embora tivessem sido presos os autores de seu assassinato, ocorrido em 1830, na rua São José, que hoje leva o seu nome, os mandantes não foram apontados com induvidosa clareza. Houve até rumores de que o crime fora praticado por inspiração do próprio Imperador.

As primeiras pregações republicanas começaram a incomodar e a preocupar o Imperador. Sabedor da existência de um núcleo republicano na Faculdade do Largo de São Francisco, D. Pedro I chamou à Corte Manuel Joaquim do Amaral Gurgel, futuro Diretor da Faculdade, em razão de suspeitas de que estaria ele tramando a proclamação da República.

O antagonismo entre portugueses e brasileiros foi se acentuando à medida que o prestigio de D. Pedro I declinava.

Eram constantes os atritos ocorridos em vários Estados, especialmente no Rio de Janeiro. O mais violento deles passou para a história com o nome da "Noite das Garrafadas". Na ocasião, os portugueses organizaram uma festa na rua da Quitanda, em homenagem a D. Pedro. Todas as casas foram iluminadas e foram construídas fogueiras, que eram alimentadas com álcool despejado de garrafões fornecidos por comerciantes portugueses. Aos gritos de "Viva D. Pedro, Imperador dos Portugueses," percorreram várias ruas atirando pedras e garrafas nas casas dos brasileiros.

Estes, em represália, vociferando contra o governo e apagando as fogueiras, atacaram lojas e residências de portugueses, quebrando vidraças e também atirando objetospe contra os seus moradores. Houve várias brigas nas ruas, com inúmeros feridos e presos.

Após o retorno da cidade à normalidade, D. Pedro compareceu à Capela Real em ação de graças pela viagem que os imperadores fizeram pouco antes a Minas Gerais. Após teria um beija mão no Palácio de São Cristóvão. Para decepção do casal imperial poucos foram os brasileiros que compareceram às duas solenidades. Verificou-se, ainda, ter sido diminuto o número de militares presentes, fato que mais apreensão trouxa ao monarca.

Em face dos acontecimentos da "Noite das Garrafadas" um grupo de deputados apresentou um documento exigindo a exemplar punição dos portugueses responsáveis pelos distúrbios. Caso nenhuma medida punitiva fosse adotada, haveria uma revolução.

Não foi desencadeada nenhuma revolta, diante da omissão do Imperador, mas, em resposta os brasileiros afrontaram a autoridade imperial, desprezando-a.

Com efeito foi organizada pelos brasileiros um desfile militar para comemorar os sete anos da outorga da Constituição, ao qual compareceram todas as principais figuras da sociedade e das forças armadas. No entanto, o Imperador não foi convidado.

D. Pedro foi, no mesmo dia, vítima de uma outra desfeita. Após o desfile, resolveu, por insistência da Imperatriz, Dna. Amélia, ir à uma missa solene celebrada na mesma comemoração, para a qual também não fora convidado. Após a solenidade religiosa, as pessoas passaram a dar vivas à independência; à soberania nacional; à república e ao menino Pedro seu filho, futuro Pedro II. A ele, no entanto, nenhuma menção, foi feita.

Em 7 de abril de 1831, D. Pedro abdicou e retornou a Portugal.

Logo após o retorno de nosso primeiro Imperador à sua terra natal, em São Paulo organizou-se um grupo para ir combater no Rio de Janeiro os chamados restauradores, que desejavam a volta de D. Pedro. O responsável pela organização do grupo de paulistas, foi o Padre Vicente Pires da Mota, eminente figura pública de São Paulo, formado no Largo de São Francisco, e seu futuro Diretor.

Consta ter sido Pires da Mota um exemplar administrador quando ocupou cargos públicos, dentre eles o de vice e, posteriormente, presidente da Província de São Paulo. No entanto, registram os anais que era extremamente rigoroso, a ponto de cometer abusos e até gritantes arbitrariedades, quando desempenhava as funções de juiz de paz e, anos após, de diretor da Faculdade.

Determinou, quando juiz, a prisão de um estudante acusado da prática, já comum à época, do furto de perus e de outras aves. A prática, diga-se, foi seguida pelas gerações futuras de estudantes famélicos, mas de refinado gosto culinário. Pois bem, uma vez que tal estudante resistiu à prisão, Pires da Mota determinou aos encarregados que o amarrassem e o transportassem como fosse possível. Assim, o jovem foi amarrado pelos pés e mãos a uma vara, na posição horizontal, para ser levado à cadeia.

A Faculdade de Direito, após o retorno de D. Pedro e ainda sob o impacto da morte de Líbero Badaró, fundador do "Farol Paulistano", veículo de divulgação das ideias liberais e declaradamente contrário ao governo central, passou a constituir um núcleo de oposição à Monarquia e favorável à República, que só viria a ser proclamada quase sessenta anos após. No entanto, não eram poucos os estudantes que, nos anos posteriores, mostravam-se defensores do regime monárquico.

Antes da maioridade de Pedro II, instalou-se o regime das regências, que também foi marcado por inúmeras revoltas eclodidas em vários Estados. Assim, Cabanagem, no Pará; Sabinada, na Bahia; Balaiada no Maranhão, e muitas outras, incluindo a Guerra dos Farrapos no Rio Grande do Sul e a Revolução de 1842, em Sorocaba, que contou com a participação de vários estudantes, já filiados ao Partido Liberal.