1) Um leitor faz uma indagação interessante: se as expressões são equivalentes, a locução à exceção de não seria sem crase, pois em com exceção de não há artigo, e sim apenas preposição?

2) O raciocínio realizado pelo leitor, em realidade, levou em consideração, por analogia, a regra geral para a verificação da existência de crase antes de nomes comuns do feminino. E, por ela, substitui-se o nome comum do feminino por um nome comum do masculino ("Vou à cidade - Vou ao centro"), e, se aparecer ao antes do masculino, então há crase no feminino. E isso assim é, porque, no masculino, quando aparece ao, existe um a (preposição) e um o (artigo).

3) Mesmo que não tenha sido esse o raciocínio levado a efeito pelo leitor, o certo é que se deve atentar a uma outra regra específica para o caso da expressão que deu origem a sua dúvida.

4) É que a crase é obrigatória (i) nas locuções adverbiais, (ii) nas locuções prepositivas e (iii) nas locuções conjuntivas, quando formadas por palavras femininas (tais expressões equivalem a advérbios, preposições ou conjunções). Exs.: a) "Ele saiu às pressas" (locução adverbial); b) "Ele venceu à custa de muito esforço" (locução prepositiva); c) "Ele aprendia à medida que estudava" (locução conjuntiva).

5) E, como lembra Domingos Paschoal Cegalla, à exceção de é uma locução prepositiva, formada por palavra feminina (exceção), a qual equivale às preposições salvo, fora ou exceto. Por isso tem crase. Ex.: "À exceção da austera Rosa de Carude, toda a gente deu razão à fidalga" (Camilo Castelo Branco).

6) Em síntese, respondendo diretamente ao leitor, à exceção de tem crase, porque assim deve acontecer com toda locução prepositiva formada por palavra no feminino.