Como município pertenceu à comarca do Rio de Janeiro, em virtude do Termo de 2 de maio de 1700 e Carta Régia de 29 de outubro do mesmo ano; passou a pertencer à comarca de São Paulo peça Carta Régia de 23 de fevereiro de 1731; como cabeça do termo de São Sebastião, Vila Bela e Ubatuba, ficou pertencendo á 6ª comarca (Santos), pelo Ato do Presidente da Província, em Conselho de 23 de fevereiro de 1833; como termo de São Sebastião e Vila Bela continuou pertencendo á 6ª comarca (Santos), pelo decreto n.° 162, de 10 de maio de 1842; termo de São Sebastião reunido ao de Vila Bela, 6ª comarca, pelo dec. n.° 768, de 22 de março de 1851; idem, da comarca de Jacareí pela Lei n.°11, de 17 de julho de 1852; idem, da comarca de santos pela Lei n.° 16, de 30 de março de 1858; como termo reunido a Vila Bela, pertenceu à comarca de Ubatuba, pela Lei n.° 46, de 6 de abril de 1872; foi termo da comarca de São Sebastião pela Lei n./ 30, de 10 de abril de 1874.
A comarca foi criada com os termos de São Sebastião, Vila Bela da Princesa e município de Caraguatatuba e instalada a 17 de julho de 1874.
A Lei n.° 80, de 25 de agosto de 1892, desanexou o município de Vila Bela. O dec. n.° 6.447, de 19 de maio de 1934, anexou o município de Vila Bela.
São Sebastião ficou pertencendo à comarca de:
Comarca do Rio de Janeiro - 1700
Comarca de São Paulo - 1731
Comarca de Santos - 1833
Comarca de Jacareí - 1852
Santos - 1858
Comarca de Ubatuba - 1872
Comarca de São Sebastião – 1874
A comarca não atende nenhum outro município.
Juízes que passaram pela comarca:
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Dr. Anastácio T. Souza Bittencourt
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Dr. José Pires Fleury
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Dr. Philadelpho de Moraes Lima
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Dr. Vicente Mamede de Freitas Júnior
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Dr. Álvaro Ribeiro de Oliveira
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Dr. Augusto Nery
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Dr. Norberto Adelino Cerqueira
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Dr. Antônio de Castro Freitas
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Dr. Alberto da Silva Campos
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Dr. Annibal de Mesquita
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Dr. Durval Facheco de Mattos
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Dr. Francisco Thomaz de Carvalho Filho
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Dr. Carlos Rocha de Siqueira
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Dr. Fausto Whitaker Machado Alvim
Foi do Tribunal de Justiça do Estado de São Paulo. Faleceu em 27 de novembro de 1985.
Dr. Roberto Tobias Mortari
Dr. Jovino Ayres de Camargo
Dr. Ary Belfort
Dr. Gilberto Valente da Silva
Dr. José Eduardo de Carvalho Pinto
Dr. Antônio César Peluso
Dr. Carlos Augusto Guimarães e Souza Júnior
Dr. Walter Cruz Swensson
Dr. Narciso Orlandi Neto
Dr. Manoel de Lima Júnior
Dr. Gilberto Nunes Marques Pereira
Dr. Pedro Vicentini
Dr. Arthur Del Guércio Filho
Dr. Antônio Sydnei de Oliveira Júnior
1ª Vara
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Dr. José Jacob Valente
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Dr. José Carlos Camargo
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Dr. Rogério Murillo Pereira Cimino
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Dr. Rogério Marrone de Castro Sampaio
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Dr. Marco Antônio Martin Vargas
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Dr. Caio Salvador Filardi
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Dr. Rui Porto Dias
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Dra. Carla Montesso Eberlein
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Dr. Rodrigo César Muller Vicente
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Dr. Mário Rubens Assumpção Filho
2ª Vara
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Dr. Carlos Alberto de Campos Mendes Pereira
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Dr. Lauro Mens de Mello
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Dr. José Ernesto de Souza Bittencourt Rodrigues
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Dr. Ulysses de Oliveira Gonçalves Júnior
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Dr. José Elias Themer
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Dr. Paulo Issamu Nagão
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Dra. Vivian Wipfli
Advogados de destaque da década de 50: