O recurso foi interposto pela União contra decisão do TRF da 5ª região favorável a uma cooperativa médica, segundo a qual os atos da cooperativa próprios de suas finalidades, relativos à prestação de serviço a seus associados, sem fins lucrativos ou de comércio, gozam de isenção, que não pode ser revogada por lei complementar através de lei ordinária ou medida provisória, sob pena de ferir o princípio da hierarquia das leis.
No STF, a União sustenta que o TRF se negou a prestar a devida jurisdição, na medida em que insistiu na omissão sobre a competência constitucional para instituir a Cofins, a contribuição ao PIS e a CSLL (nos termos dos artigos 5º, incisos LIV e LV, e 93, inciso IX, da CF/88). Ainda segundo a União, houve a declaração incidental da inconstitucionalidade dos artigos 2º, 3º e 15 da lei 9.718/98, por órgão fracionário do TRF, o que viola a cláusula de reserva de plenário (nos termos do artigo 97 da CF/88).
A União sustenta, por fim, que a competência constitucional para a instituição da Cofins, da contribuição ao PIS e da CSLL permite a incidência de todos esses tributos sobre a atividade cooperativa atípica, isto é, os atos realizados entre a entidade e não cooperados (nos termos dos artigos 146, inciso III, alínea c; 194, parágrafo único, inciso V; 195, caput, e inciso I, alíneas "a", "b" e "c" e parágrafo 7º; e 239 da CF/88).
Para o relator do processo, ministro Joaquim Barbosa, a discussão, tal como posta pelo acórdão recorrido e pelas razões recursais da União, tem alcance constitucional e repercussão geral. Para ele, a importância do tema transcende interesses locais, na medida em que afeta diretamente um dos instrumentos expressamente previstos pela CF/88 para alcançar objetivos como a redução das desigualdades regionais, a busca pelo pleno emprego, a prestação universal e a efetiva de serviços de saúde e educação, dentre outros.
"Essa relevância da atividade afasta do legislador infraconstitucional a liberdade irrestrita para definir conceitos-chave do cooperativismo, de modo que a respectiva tributação deverá seguir o sentido constitucionalmente coerente para 'ato cooperativo', 'receita da atividade cooperativa' e 'cooperados'. Por outro lado, a Constituição não tolera a utilização dessas entidades como instrumentos de mera exploração econômica, isto é, "conduit shells", para unir tratamento regulatório-tributário favorecido ao singelo aumento patrimonial individual. Essa tensão, a meu pensar, confirma a repercussão geral da discussão", afirmou o ministro Joaquim Barbosa.
O relator esclareceu que a discussão do STF neste processo se dará sem prejuízo do exame da constitucionalidade da revogação, por lei ordinária ou medida provisória, de isenção, concedida por lei complementar (RExt 598.085), bem como da "possibilidade da incidência da contribuição para o PIS sobre os atos cooperativos, tendo em vista o disposto na Medida Provisória 2.158-33, originariamente editada sob o nº 1.858-6, e nas leis 9.715 e 9.718, ambas de 1998" (RExt 599.362).