Cada unidade comporta 208 presos, sendo que, por determinação legal, a capacidade máxima não pode ser atingida. As celas são individuais e os reclusos permanecem isolados durante 22h diárias, saindo para o banho de sol. Aqueles que estão cumprindo pena em Regime Disciplinar Diferenciado (RDD) tomam o banho de sol em sua própria cela, desenvolvida para que não tenham que sair e não possam entrar em contato com os demais. No período de internamento, a remição de pena pode ser realizada pela leitura de livros, devidamente avaliada por um professor, além da realização de exames nacionais (como o ENEM).
Outra característica é a tentativa de isolamento regional do preso, ou seja, quem é do norte do país é enviado para o cumprimento de pena em unidades que ficam mais ao sul, e vice-versa. Isso principalmente para os indivíduos que tenham participação relevante em organização criminosa. Apesar de contarem com um apoio técnico diferenciado, pois possuem estrutura de assistência social, educação religiosa, atividades pedagógicas, terapeuta, biblioteca, os presos costumam preferir penitenciárias estaduais, em razão do controle menos eficaz, às vezes realizado pelos próprios reclusos, e uma maior liberdade interna.
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