A Academia foi palco e núcleo propulsor de ideias e ideais libertários desde a sua instalação. Aliás, os articuladores de sua criação preocuparam-se com a formação cidadã dos jovens estudantes, e também, preparando-os para serem gestores da coisa pública e homens de Estado. Desta forma, em suas raízes estão objetivos e anseios que extrapolam os limites impostos pelo magistério, a saber sejam os de ensinar matérias específicas, para habilitar os profissionais para o desempenho das respectivas funções.
O Largo de São Francisco desde os seus primórdios, ultrapassou aqueles lindes e se tornou um polo de ferrenhas e frutíferas discussões em prol do aprimoramento sócio, político e cultural do país. Em especial o jardim de pedras, pátio da Faculdade e, posteriormente, ela, como um todo transformada em "Território Livre", palco de divulgação de ideias, ideais, sonhos e utopias de todos os matizes, em prol do desenvolvimento da sociedade humana e do homem brasileiro.
Nos primeiros anos da Faculdade, os ideais dos iluministas, dos enciclopedistas, das Revoluções Americanas e Francesa foram disseminados entre os estudantes. Nesse momento surgiram os primeiros escritos dos estudantes divulgando tais pensamentos, que, na verdade, representaram os primeiros germes da Abolição e da República.
Deve ser notado que fora da Faculdade os embates em torno das novas ideias encontravam abrigo nas repúblicas dos estudantes. Ali, tal como no pátio da Escola, os princípios defendidos pelo liberalismo e pelo iluminismo eram alvo de análise e de aprofundadas discussões, exercendo forte influência no espírito dos acadêmicos.
Vê-se, pois, que as repúblicas não eram exclusivamente centros de residência e de convivência entre os estudantes, que se reuniam para planejar as suas brincadeiras, serenatas, peraltices, rapinagens e outras atividades que tais. Além das ideias importadas, os moços se ocupavam dos problemas nacionais, com especial atenção para os referentes às regiões do país, de onde provinham inúmeros estudantes. Note-se que a implantação da República e a Libertação dos Escravos já eram temas discutidos abertamente.
Os estudantes estavam prontos para abrigar em seus espíritos os fundamentos de construção de um novo mundo, que assistia a ruina das Monarquias tradicionais e do absolutismo, assim como via surgir governos democráticos. Os jovens apreenderam e compreenderam que os Estados modernos deveriam ser lastreados por novos princípios oriundos do humanismo, ligados às ideias de igualdade entre raças e povos; ao voto universal; à separação entre Estado e Igreja; à livre expressão do pensamento, dentre muitos outros postulados.
O Bispo de São Paulo, dom Manoel Joaquim Gonçalves, não via com bons olhos a presença das novas pregações libertárias, para ele nitidamente revolucionárias, pois colocavam em risco a solidez dos alicerces de sustentação do antigo mundo, construído em consonância com os princípios seculares da Igreja Católica. No púlpito e fora dele, com grande veemência, verberava a importação das corrosivas ideias que, segundo apregoava, punham em risco o mundo aristocrata cristão.
Em 1830, um fato abalou a Academia e toda a sociedade paulista: foi assassinado o médico italiano Líbero Badaró, que empresta o seu nome à antiga Rua Nova de São José, local do crime. Nasceu em Gênova, em 1798, e seu nome em italiano era Gio Balta, João Batista, tendo acrescentado Líbero Badaró, como sobrenome para externar no próprio nome as suas ideais liberais.
Formou-se em medicina na Universidade de Turim, em 1825. Anteriormente estudara botânica na Universidade de Bolonha. Foi para o Rio de Janeiro, segundo consta fugindo de adversários políticos. Revalidou o seu diploma e tornou-se amigo do jornalista Evaristo da Veiga, que fundara o jornal Aurora Fluminense. Dizem ter vindo ele para o Brasil, também atraído pela nossa rica flora, conduzido, assim, por curiosidade científica. Há registros de que na Capital do país entregava-se a longos passeios pelas matas cariocas, estudando nossas espécies botânicas.
Veio para São Paulo, com a ajuda do amigo, José da Costa Carvalho, Marques de Monte Alegre, que em fevereiro de 1827 fundou o Farol Paulistano, primeiro jornal paulistano. Este jornal contou com a colaboração do dr. Nicolau Pereira de Campos Vergueiro; do Padre Manuel Joaquim do Amaral Gurgel e do Padre Vicente Pires da Mota, todos eles professores e futuros diretores da Faculdade de Direito.
Posteriormente, Líbero Badaró fundou o Observador Constitucional. O primeiro número foi editado em 23 de novembro de 1829, e teve como escopo principal a divulgação dos ideais libertários ardentemente defendidos por seu criador. O jornal era impresso na tipografia do Farol Paulistano, e era lido com grande interesse pelos acadêmicos de direito.
Líbero deu aula no Curso Anexo preparatório para o ingresso na Faculdade de Geometria e de Matemática. Sua pregação liberal era exaltada e atingiu decisivamente os primeiros alunos, que já estavam influenciados, como se viu, pelas mesmas ideias.
Não são conhecidas com clareza as razões que motivaram o seu assassinato, no dia 20 de novembro de 1830. Suspeita-se ter sido mandante do crime o Ouvidor da Província Cândido Ladislau Japiassu, que lhe nutria não disfarçada animosidade, pois Líbero denunciava os seus desvios de conduta sistematicamente por meio do Observador Constitucional.
Líbero foi morto por dois homens encapuçados na hoje rua Líbero Badaró, vítima de tiros fatais. Quem o socorreu foi Emiliano Fagundes Varela, que por lá passava no momento do ataque. Seus socorros foram em vão, pois o óbito se deu no dia seguinte.
Sua crença nos ideais liberais estava tão arraigada em seu espírito, que ao morrer teria afirmado "morre um liberal, mas não morre a liberdade".
Nos anos trinta e quarenta, contando com a efetiva colaboração dos estudantes do Largo de São Francisco, surgiram várias publicações regulares em São Paulo. Assim, O Paulista Oficial; O Solidário; O Escandalizado; O Escorpião; Americano; Clarim Saquarema. Este último jornal trazia estampada à frase "Viva o Imperador, Viva a Constituição.".
A mobilização dos estudantes em torno do novo pensamento político que se espalhava pelo mundo, no Brasil revestiu-se de grande importância, pois a nossa independência recém-proclamada, longe de estar consolidada, estava cercada de riscos impostos pela ação eficiente e obstinada dos chamados restauradores que não só pugnavam pelo retorno de D.Pedro I ao trono, como pela volta do Brasil à condição de colônia de Portugal. Nesse sentido, representaram um papel fundamental na busca pela integral autonomia política e administrativa do país as pregações dos acadêmicos, especialmente por meio da imprensa.
Em 1856 foi impresso o Guaianã inteiramente escrito e editado por estudantes. Trazia publicações de natureza científica, política e literária. Posteriormente surgiram, dentre outros, os seguintes jornais editados por estudantes de direito, durante os anos da segunda metade do século XIX. : O Acadêmico do Sul; Caleidoscópio; O Timbira; Imprensa Acadêmica; O Constitucional, porta voz do Clube Constitucional Acadêmico; houve um outro com o mesmo nome, O Constitucional, que foi publicado em maio de 1875 e representava os acadêmicos conservadores. O primeiro O Constitucional, começou a ser editado em maio de 1871; A Crença; O Tribuno; O Rebate, publicado por estudantes republicanos; A Renascença; A Academia de São Paulo
Líbero Badaró, que já contava com a simpatia e com o apoio às suas ideias dos estudantes, passou a gozar de grande afeição por parte dos paulistanos. Durante uma epidemia de varíola prestou relevantes serviços à população de São Paulo. Cuidou com muita dedicação dos que estavam contaminados e adotou medidas preventivas para evitar que a doença se alastrasse.
A solidariedade sempre marcou a Academia de São Paulo, e teve como figuras emblemáticas à época, dois estrangeiros, Líbero Badaró e Júlio Frank.